Vysvetlenie: Prečo je testovanie niekoľkých ľudí s príznakmi Covid negatívne?

Mnoho ľudí s príznakmi Covid-19 malo negatívny test. Existuje niekoľko pravdepodobných dôvodov, ako sú mutácie vírusu unikajúceho pri detekcii, kvalita odberu vzoriek a testovania a účinnosť súprav RT-PCR.

Testy sa môžu pokaziť v rôznych fázach, od zlého odberu a skladovania vzorky až po chybnú extrakciu a amplifikáciu. (Express Photo: Vishal Srivastav)

Keďže India sa snaží vyrovnať s bezprecedentným dopytom po testoch RT-PCR, správy naznačujú, že až 20 % symptomatických pacientov s Covid-19 má negatívny test.

Tento zjavný trend falošne negatívnych výsledkov môže vážnym pacientom odoprieť prijatie do nemocnice a kritickú starostlivosť, zatiaľ čo asymptomatických umožní pohybovať sa a šíriť vírus. Tento trend podnietil odborníkov, vrátane riaditeľa AIIMS Dr Randeepa Guleriu, aby odporučili liečbu Covid-19 každému, kto má klasické symptómy bez ohľadu na výsledky RT-PCR.

Newsletter| Kliknutím dostanete do doručenej pošty najlepšie vysvetlivky dňa

Prečo falošné negatívy

Testy RT-PCR, ktoré sa považujú za zlatý štandard v diagnostike Covid-19, nemajú byť dokonalé. Minimálna citlivosť (schopnosť detekovať pozitíva), ktorú požaduje Indian Council of Medical Research (ICMR) na validáciu testu RT-PCR, je 95 %. To znamená, že sa očakáva až 5 % falošne negatívnych výsledkov.

Zatiaľ čo neoficiálne správy naznačujú, že podiel falošne negatívnych výsledkov v Indii stúpa, zatiaľ neexistuje žiadna štúdia, ktorá by to podporila.

Teoreticky určujú presnosť testu RT-PCR štyri široké faktory: vírusová záťaž u osoby, kvalita odberu a spracovania vzorky, účinnosť samotnej testovacej súpravy a tiež meradlo pre interpretáciu testu.

VÍRUSOVÁ ZÁŤAŽ: Typicky sa Covid-19 adekvátne manifestuje do piateho dňa infekčného cyklu. Pri testovaní skôr po expozícii sa infikovaná osoba môže ukázať ako negatívna na Covid. Toto nemusí byť hlavným faktorom za nedávnym falošne negatívnym trendom, pretože určité mutanty Covid-19 zjavne vykazujú skoré príznaky.

Množstvo symptomatických pacientov, ktorí testovali falošne negatívne testy RT-PCR, sa následne potvrdilo ako pozitívnych na Covid v testoch Bronchoalveolar Lavage (BAL), ktoré odoberajú vzorky z dolných dýchacích ciest cez bronchoskop. To viedlo k domnienkam, že určité mutanty obchádzajú horné dýchacie cesty, aby sa zamerali na pľúca - scenár, ktorý môže odmietnuť test RT-PCR na základe vzorky odobratej z nosnej dutiny a hrdla, vírusovú záťaž potrebnú na presný výsledok.

VÝBUCH KAPACITY: Počet testovacích laboratórií Covid v Indii sa zvýšil zo 14 vo februári 2020 na viac ako 2 400 v apríli 2021. Takáto rýchla expanzia si vyžiadala schválenie stoviek laboratórií na testovanie RT-PCR a zaškolenie tisícok technikov v zhone.

Ako poistku ICMR v júli 2020 uviedla 30 laboratórií kontroly kvality, aby skontrolovala všetky laboratóriá Covid, ktoré schválila. Odvtedy bolo pridaných ďalších 8 QC laboratórií. Zdroje z viacerých laboratórií v troch štátoch však uviedli, že sa vykonalo len niekoľko inšpekcií zariadení a nástrojov.

V ideálnom prípade by sa zmes pozitívnych a negatívnych vzoriek mala pravidelne náhodne odoberať z každého laboratória na opätovné testovanie. Robilo sa to niekedy? Áno. Robilo sa to dôsledne? Nie, povedal vedec z inštitútu ICMR, ktorý nemá oprávnenie hovoriť s médiami.

ICMR a niekoľko laboratórií kontroly kvality sa od júla 2020 priblížilo k pravidelnému laboratórnemu monitorovaniu a údajom o dodržiavaní kvality.

ĽUDSKÝ PRVOK: Testy sa môžu pokaziť v rôznych fázach – od zlého odberu a skladovania vzoriek až po chybnú extrakciu a amplifikáciu. Všetky súpravy RT-PCR obsahujú internú kontrolu (IC) na ochranu pred scenárom, keď nie je extrahovaná/amplifikovaná žiadna RNA, čo vedie k falošne negatívnemu výsledku. IC môže byť exogénny alebo endogénny. Je exogénna, keď sa ku každej vzorke pred extrakciou RNA pridá umelá templátová molekula RNA. Test sa považuje za neplatný, keď sa po extrakcii nezistí syntetická RNA a je predpísaný opakovaný test. A endogénna kontrola využíva ľudský gén „udržiavania“ prítomný vo vzorke; jeho nedetekcia po procedúre extrakcie RNA znehodnotí test.

Ľudský gén pre domácnosť tiež zabezpečuje kvalitu vzorky... Ale viac ako 75 % súprav RT-PCR na indickom trhu používa lacnejšie exogénne interné kontroly, povedal molekulárny biológ z Bombaja.

V SOP ICMR o RT-PCR z apríla 2020 sa uvádza, že exogénnu kontrolu extrakcie možno ignorovať, pretože nebude odrážať kvalitu odobratej vzorky. Odporúča sa, aby oddelená RNáza P alebo akýkoľvek iný ľudský gén pre domácnosť... prebiehal paralelne v samostatnej skúmavke... (na kontrolu kvality odobratej vzorky aj postupu extrakcie).

V máji 2020, mega tender vyhlásený ICMR/HLL na súpravy RT-PCR špecifikoval podobné požiadavky. Viacerí výrobcovia tvrdili, že rôzne spoločnosti používajú rôzne interné kontroly vrátane exogénnych, ktoré schválili regulačné agentúry ako FDA a CEIVD, a že nepriaznivá selekcia založená na génoch pre domácnosť by odradila spravodlivú hospodársku súťaž. Nakoniec bol tender upravený tak, aby zahŕňal endogénne aj exogénne opcie pre vnútornú kontrolu.

VÍRUSOVÁ MUTÁCIA: RTR-PCR test sa zameriava na špecifické oblasti jedného alebo viacerých vírusových génov, aby sa zistila jeho prítomnosť. Test môže priniesť falošne negatívne výsledky, ak sa v hodnotenom segmente genómu vyskytne mutácia. Pri testoch, ktoré využívajú viaceré genetické ciele, ako sú tie, ktoré sa používajú v Indii, je menej pravdepodobné, že budú oklamané mutáciami.

Regulačné orgány, ako napríklad americká FDA, bežne monitorujú vplyv mutácií na testy RT-PCR Zatiaľ čo odborníci ako Dr Rakesh Mishra, riaditeľ Centra pre bunkovú a molekulárnu biológiu v Hyderabadu (CCMB), majú pocit, že ICMR by malo začať podobné cvičenie, nemusí to tak byť. jednoduché monitorovanie v reálnom čase viac ako 200 súprav RT-PCR schválených v Indii proti vznikajúcim mutáciám.

Po prvé, žiadny výrobca nezverejnil (ani nezverejní) podrobné sekvencie, na ktoré sa zameriava pri testoch. Pri predkladaní na validáciu ICMR uvádzajú iba cieľové gény a nie sekvenciu primérov, povedal vedúci výskumník ministerstva zdravotníctva.

Doteraz však existuje dôvod na to, aby ste sa cítili celkom istí, aj keď neexistuje žiadna kontrola účinnosti v reálnom čase. Varianty Covid-19 majú zatiaľ hlavne mutácie S génu (spike protein). Väčšina súprav tu používa zachované (nezmenené) oblasti cieľov, povedal Dr Shanta Dutta, riaditeľ Národného inštitútu pre choleru a enterické choroby (NICED), Kalkata.

Cenový pád

Za jeden rok klesla cena súpravy RT-PCR z viac ako 1 100 Rs na menej ako 40 Rs. Keďže oslobodenie od dovozného cla bolo v októbri 2020 zrušené, väčšina zahraničných značiek opustila indický trh kvôli dodatočnému 15 % nákladovému zaťaženiu. Aj množstvo indických značiek odmieta predávať pod 100 rupií. Mnohé si našli oddanú korporátnu klientelu, ktorej nevadí priplatiť si za zabezpečenie kvality. Niektorí dokonca ponúkajú viacero súprav PCR v rôznych cenových hladinách.

Hoci to nikto v záznamoch nehovorí, mnohí spochybňujú kvalitu lacnejšej konkurencie. Protihodnotou je, že každá testovacia súprava dostupná na trhu spĺňa overovacie kritériá ICMR a že akákoľvek cenová vojna je v konečnom dôsledku prínosom pre spotrebiteľa.

Nie všetci sú však presvedčení. Zodpovedajúci pokles nákladov na laboratórny test je zo 4 500 Rs na 800 Rs. Okrem toho, vie človek, ktorý navštívi jej miestne laboratórium na test na Covid, ktorá súprava sa používa? Koľko laboratórií minie 100 rupií, keď im to prejde použitím súpravy 40 rupií? povedal jeden z prvých indických výrobcov súprav Covid PCR.

PRIDAŤ SA TERAZ :Express Explained Telegram Channel

The Hodnota Ct

Test RT-PCR amplifikuje nukleovú kyselinu extrahovanú zo vzorky, aby sa zistila kyselina špecifická pre vírus Covid-19. Zosilnenie prebieha v cykloch s prahovou hodnotou (Ct). Je jasné, že čím vyššia je prítomnosť/záťaž vírusu, tým nižšia je hodnota Ct alebo počet amplifikačných cyklov potrebných na to, aby bola detekovateľná.

ICMR stanovilo hodnotu Ct na 35 pre negatívne výsledky. Okrem toho sa akákoľvek stopa potenciálne prítomného vírusu považuje za zanedbateľnú a vzorka je vyhlásená za negatívnu na Covid.

Ale niektoré štáty ako Maharashtra sa snažili predĺžiť hranicu prípustnosti tým, že navrhli hodnotu Ct 24. Keďže by to potenciálne vylúčilo veľký počet ľudí s kvantitatívne nižšou, ale klinicky významnou vírusovou záťažou, ICMR zopakovala svoj postoj k hodnote Ct 35. .

Nie je však jasné, či všetky štáty dodržiavajú rovnakú referenčnú hodnotu Ct. Podľa vedúcich pracovníkov najmenej dvoch viacštátnych laboratórnych sietí dostali protichodné a niekedy neoprávnené verbálne pokyny týkajúce sa takýchto testovacích parametrov. Dokonca ani molekulárny test nie je imúnny voči subjektívnej zaujatosti.

Zdieľajte So Svojimi Priateľmi: