Vysvetlenie: Ktoré sú varianty COVID-19 v Indii a vysvetľujú nárast?

V Pandžábe sa zistilo, že viac ako 320 vzoriek koronavírusov má britskú líniu. Vysvetľuje to nedávny nárast? A ako rozšírené sú varianty z Južnej Afriky a Brazílie, okrem iných v Indii?

V nákupnom stredisku v Pune (Express Photo: Ashish Kale, File)

Zistilo sa, že má viac ako 320 vzoriek koronavírusu z Pandžábu britská línia , odkaz na nový kmeň vírusu, ktorý sa objavil v Spojenom kráľovstve v decembri, s genetickými mutáciami, ktoré mu umožnili rýchlejšie sa šíriť. Toto je doteraz najrozšírenejší výskyt variantu v Spojenom kráľovstve v indickej populácii a mohol by vysvetliť rýchly nárast prípadov v Pandžábe za posledných niekoľko týždňov.

Newsletter| Kliknutím dostanete do doručenej pošty najlepšie vysvetlivky dňa

V stredajšom vyhlásení vlády sa uvádza, že doteraz sa zistilo, že 736 vzoriek z celej krajiny má britský pôvod. Okrem nich sa zistilo, že 34 vzoriek malo juhoafrickú líniu a jedna mala brazílsku líniu. Juhoafrický a brazílsky variant sú dva ďalšie dominantné kmene koronavírusu, ktoré cirkulujú po celom svete. Genetické mutácie v týchto dvoch variantoch zvyšujú pravdepodobnosť, že uniknú ľudskému imunitnému systému. Obáva sa preto, že súčasné vakcíny môžu byť proti nim porovnateľne menej účinné, hoci sa to stále skúma.

Varianty v Indii

Britské, brazílske a juhoafrické varianty nie sú jediné, ktoré v súčasnosti cirkulujú v indickej populácii. Ako každý iný organizmus, aj koronavírus neustále mutuje, pričom v každom replikačnom cykle dochádza k určitým zmenám v jeho genetickej štruktúre. Väčšina z týchto mutácií je bezvýznamná a nemenia celkovú povahu ani správanie koronavírusu. Ale niekoľko z nich, možno jeden z tisícov, môže zaviesť dôležité zmeny, ktoré pomôžu vírusu lepšie sa prispôsobiť alebo prežiť.

Počas tejto epidémie sa pozorne sledujú tri druhy zmien – tie, ktoré zvyšujú schopnosť vírusu sa šíriť rýchlejšie, tie, ktoré spôsobujú závažnejšie ochorenie u infikovanej osoby, a tie, ktoré pomáhajú vírusu uniknúť imunitnej odpovedi.

Takéto kmene sú britské, brazílske a juhoafrické varianty. Každá z nich má teraz svoje vlastné rodiny, čo znamená, že v nich bolo veľa následných mutácií, ale pôvodná definujúca mutácia zostala nedotknutá. Tieto tri variantné rodiny alebo línie sa našli vo viacerých krajinách a sú zodpovedné najmä za nárast prípadov v Európe a Brazílii.

Okrem nich v indickej populácii cirkuluje niekoľko ďalších variantov, ktoré majú vznikol lokálne ako aj ďalšie, ktoré si priviezli cestujúci zo zahraničia. Žiadna z nich však nebola klasifikovaná ako variant obáv.

Varianty COVID-19 zistené v Indii

Variant a obavy Spojeného kráľovstva COVID-19

Vedci tvrdia, že žiadny z troch „obávaných variantov“ – Spojené kráľovstvo, Brazília alebo Juhoafrická republika – nemožno spájať so súčasným nárastom prípadov v Indii. Ich miera prevalencie v komunite zatiaľ nie je taká vysoká, aby sa im súčasný nárast dal pripísať.

Dokonca aj v Pandžábe, kde sa 80 % zo 400 analyzovaných vzoriek ukázalo ako britský variant, je príliš skoro obviňovať ho z mimoriadneho nárastu prípadov v posledných týždňoch. Výsledky sekvenovania genómu boli teraz odhalené a je potrebné urobiť klinickú koreláciu, aby sa posúdilo, či sú zodpovedné za nárast prípadov.

Ako zdôraznili vedci, ak sú ľudia infikovaní kmeňom Spojeného kráľovstva v Pandžábe všetci cestujúci alebo ich priame kontakty, potom sa ich výskyty dajú ľahko vysvetliť a nie sú príliš znepokojujúce. Ak sa však vyskytol aj u ľudí v širšom okolí, potom hrozí, že sa veľmi rýchlo rozšíri aj na ostatných. Znamenalo by to tiež, že postupy izolácie a karantény, ktoré sa v štáte dodržiavajú, najmä pre cestujúcich, nie sú veľmi prísne dodržiavané.

Niekoľko špecifických mutácií nájdených v britskom kmeni, ako napríklad E484Q a ďalší s názvom N440K, bolo pozorovaných aj v niektorých iných variantoch a tieto cirkulujú v indickej populácii niekoľko mesiacov. V súčasnosti neexistujú žiadne dôkazy, ktoré by naznačovali, že niektorý z nich mohol viesť k druhému nárastu alebo spôsobiť opätovnú infekciu u pacientov.

Na posúdenie ich vplyvu na šírenie choroby v Indii sú však potrebné oveľa podrobnejšie vedecké výskumy.

Sekvenovanie genómu…

India má počas epidémie druhý najvyšší počet ľudí nakazených koronavírusom. Ale urobilo len veľmi málo genómových sekvencií rôznych variantov v obehu. Doposiaľ vykonala génovú analýzu 19 092 vzoriek z celej krajiny, uvádza sa vo vyhlásení vlády v parlamente minulý týždeň. To zahŕňa sekvenovanie 10 787 vzoriek, odkedy vláda v decembri zriadila INSACOG (Indické konzorcium SARS-CoV2 pre genomiku) špeciálne na tento účel. Mnoho ďalších krajín, vrátane Spojených štátov a Číny, analyzovalo viac ako 100 000 génových sekvencií.

Štúdium genetických zmien v organizme je dôležitým kľúčom k pochopeniu pôvodu, prenosu a vplyvu vírusu na pacientov. Stanoveným cieľom INSACOG je sekvenovať vzorky z najmenej 5 % všetkých infikovaných prípadov prostredníctvom siete desiatich laboratórií. Momentálne to vyzerá ako veľmi náročná úloha. India doteraz zaznamenala viac ako 1,17 milióna pozitívnych prípadov. 19 092 vzoriek, ktoré sa doteraz sekvenovali, tvoria len 0,16 % z tohto počtu.

PRIDAŤ SA TERAZ :Express Explained Telegram Channel

...a prečo je to pomalé

Jedným z hlavných dôvodov pomalého tempa sekvenovania genómu bol nedostatok financií. Doteraz neboli pre INSACOG pridelené žiadne peniaze, hoci úradníci uviedli, že schválenie finančných prostriedkov sa teraz očakáva každým dňom. Laboratóriá na sekvenovanie využívajú peniaze zo svojich vlastných ročných rozpočtov. Extrakcia génovej sekvencie z jednej vzorky trvá 3 000 až 5 000 Rs. Náklady sú hlavne na chemické činidlá, ktoré sú potrebné v procese.

Štáty tiež proaktívne neposielali svoje vzorky do laboratórií na sekvenovanie. Maháráštra, ktorá doteraz zaznamenala viac ako 25 miliónov infekcií, poslala podľa vládnych údajov predložených v parlamente len asi 2800 vzoriek na sekvenovanie. To je len asi 0,11 % všetkých prípadov. Najvyšší počet vzoriek na sekvenovanie poslala Kerala, asi 5200, ale Karnataka, ktorá má porovnateľný počet prípadov, poslala len 137 vzoriek. Takáto nízka miera sekvenovania genómu nemusí byť štatisticky významná na vyvodenie záverov o meniacej sa povahe a správaní vírusu alebo pri navrhovaní vhodných zásahov na obmedzenie šírenia epidémie.

Tento článok sa prvýkrát objavil v tlačenom vydaní 25. marca 2021 pod názvom „Cracking the virus kmen“.

Zdieľajte So Svojimi Priateľmi: